La storia di Mesero comincia in epoca romana, come testimonia il documento storico più antico del Borgo: un’ara romana dedicata a Mercurio. Fu scoperta nel 1921 presso la cascina S. Eusenzio ed è databile con sicurezza al I secolo d.C..

Sull'Ara è possibile leggere un'iscrizione, il voto di un mercante a Dio Mercurio, che ci conferma che Mesero era già in epoca romana un centro nevralgico e un luogo di passaggio.

Anche il luogo del ritrovamento non è casuale. Infatti, abbiamo notizie che là dove oggi sorge la cascina S.Eusenzio (nome dialettale di Sant’Innocenzo) nel 1200 sorgeva una chiesa dedicata a Santa Margherita e a Sant'Innocenzo, appunto. Sappiamo che il culto di questo santo era diffuso nelle città lungo l’antica strada romana che da Milano, attraverso Novara e il Gran San Bernardo, arrivava in Francia.

Incrociando questi due dati, la presenza di una chiesa dedicata a Sant'Innocezo e la diffusione del culto del santo lungo l'antica via romana, possiamo dedurre il tratto Mediolanum-Novaria di tale via passava proprio per Mesero.

Sappiamo che la storia del Borgo prosegue in epoca medievale grazie ad alcuni documenti del XIII secolo ritorna il nome Mesero e viene attestata l’esistenza di due chiese: la prima è dedicata a Santa Maria; la seconda è la già citata chiesa di Santa Margherita e a Sant'Innocenzo.

Una più ampia documentazione risale al XIV secolo: nel 1393 Antonio Corrado lasciò i suoi beni di Mesero all'abbazia di Sant'Ambrogio ad Nemus di Milano, con l'obbligo di fornire cibo e vino ai poveri del paese ogni anno.

Nel 1399 Gian Galeazzo Visconti concesse ai monaci della Certosa di Garegnano due terzi delle terre di Mesero; il terzo restante apparteneva a famiglie patrizie milanesi come i Crivelli e i Clerici. Proprio l'amministrazione certosina apportò grandi benefici alla comunità: migliorò le coltivazioni, bonificò i terreni incolti e mantenne tasse e decime moderate per gli affittuari.

La riconoscenza dei meseresi nei confronti dei Certosini fu grande, come dimostra il fatto che nel 1517 i parrocchiani decisero di rinunciare al diritto di eleggere il parroco e quindi di incorporare la parrocchia nel monastero della Certosa.

Risale invece a qualche decennio prima la donazione di Francesco Crivelli grazie alla quale venne istituita la Schola Pauperum Christi, una cappellania che tra gli obblighi aveva quello di fare scuola ai figli dei più poveri cittadini meseresi.

Nel 1722 durante il dominio austriaco, fu redatto il primo catasto completo di Mesero, che rivela un'economia agricola basata su cereali, vite e bachicoltura, con quasi 2000 gelsi censiti.

Nel 1783 con la politica illuminista di Giuseppe II, i certosini furono costretti a lasciare Mesero. Le loro terre vennero acquistate all’asta da Federico Landriani, rappresentante di una famiglia nobile milanese orientata allo sviluppo preindustriale.

Mesero fu coinvolta nella battaglia di Magenta del 1859: qui si svolsero i primi scontri tra le colonne guidate da Mac Mahon e l'esercito austriaco.

 
Per tutto l'Ottocento, i Landriani e i rami associati mantennero il controllo sulla proprietà terriera e sull'amministrazione civica, prima sotto gli Austriaci e anche dopo l'Unità d'Italia.

 
Durante questo secolo continuò ad essere centrale per l’economia meserese soprattutto la bachicoltura: nel 1860 Landriani aprì una filanda; nel 1871 vennero censiti 20.000 gelsi. La popolazione era comunque piuttosto povera, povertà che fu aggravata da epidemie di colera e pellagra.

Nel 1867 la Scuola dei poveri di Cristo venne soppressa e l'istruzione elementare passò sotto il controllo del Comune di Mesero.

Nei primi decenni del secolo scorso, l'assenza di insediamenti produttivi industriali portò prima a un'emigrazione verso l'America e, dagli anni '30, al fenomeno del pendolarismo verso Milano, soprattutto da parte dei giovani in cerca di un’alternativa all’agricoltura.

Era necessario un processo di industrializzazione, che iniziò solo nel dopoguerra. Questo rinnovamento fu possibile grazie alla guida di figure chiave come don Gesuino Corti, parroco dal 1961 al 1992, e il dottor Mario Leone, sindaco per 18 anni tra il 1956 e il 1981. Fu indispensabile soprattutto l’impegno collettivo di tutti i cittadini, che riuscì a trasformare Mesero da un paese rurale al Borgo moderno che conosciamo oggi.

Oggi con il progetto del PNRR il Comune di Mesero ha scelto di portare avanti questa tradizione storica, con l’impegno di proiettare il Borgo in un futuro fatto di valorizzazione sostenibile del territorio, cultura e turismo.